A mediados del siglo XXI, las personas dependen de implantes mecánicos y los robots reciben tejido humano como mejora. En este contexto, la mayor Motoko Kusanagi tiene la tarea de perseguir a los más peligrosos terroristas y cibercriminales, incluyendo a unos hackers capaces de explotar la interfaz humano/máquina y reprogramarlos para transformarlos en sus marionetas.
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