Han pasado dos años desde que Red y sus amigos derrotaron al Equipo Rocket en Silph S.A. Bruno, un miembro del Alto Mando, lanzó un reto para Red. Él salió a enfrentar el desafío con valentía, pero desapareció. Pikachu fue el único que regresó pero sus heridas son graves. Yellow tomó a Pikachu bajo su cuidado y partió en busca de Red, pero entonces el Alto Mando.
